Trường Cao đẳng Kỹ thuật Hải quân tổ chức đào tạo đa ngành cho các đối tượng với nhiều trình độ khác nhau, cụ thể như sau:

• Đối tượng cao đẳng

– Cao đẳng chính quy: Thời gian đào tạo 3 năm.

– Cao đẳng liên thông: Thời gian đào tạo 1,5 năm.

• Đối tượng trung cấp

– Trung cấp dài hạn: Thời gian đào tạo 2 năm.

– Trung cấp ngắn hạn: Thời gian đào tạo 1 năm.

– Chuyển loại trung cấp: Thời gian đào tạo 1,5 năm.

• Đối tượng sơ cấp kỹ thuật: Thời gian đào tạo 1 năm.
• Các đối tượng khác

– Hạ sỹ quan – Chuyên môn kỹ thuật: Thời gian đào tạo 5 tháng.

– Tập huấn Kỹ thuật Hải quân Hoàng gia Campuchia: Thời gian đào tạo 5 tháng.

– Hải đội Dân quân thường trực: Thời gian đào tạo 4 tháng.